여순사건이 발생하자 미군고문단장이 대책회의를 소집하였고, 미 임시군사고문단은 진압 작전 주체로 등장하였다. 그들은 고유권한 즉 인사권, 이동 명령, 무기와 장비 제공, 병력 배치, 작전지도 등이 포함되는 작전 지휘권을 이용하여 반군토벌전투사령부 설치 및 사령관을 임명하는 등 사실상의 사령부 역할을 하였다. 병력을 제외한 병기, 병참 제공은 물론 인사, 정보, 작전, 군수 등의 모든 것을 미 임시군사고문단이 실질적으로 행사하였다.

따라서 전반적인 작전 지휘권을 보유하고 인사, 정보 등 당시 진압 작전과 토벌 과정에 개입한 주한미군도 여수, 순천 등지에서 발생한 민간인 학살에 대한 책임에서 벗어날 수 없다. 미군은 진압 군경에 의한 민간인 학살에 대해 잘 알고 있었지만 침묵함으로써 학살을 방조하였다.

전선기자로 여순사건을 취재했던 칼 마이던스 기자는 당시 시민들의 집단학살을 바라보면서 그의 저서 『More than meets the eye (눈에 보이는 그 이상의 것)』에서 ‘침묵, 강요된 침묵’이라고 표현하였다. 총살되기 위해 끌려가면서도 한마디 항변도 없고, 살려달라는 울부짖음이나 슬프고 애처로운 애원의 소리도 없는 공포스러운 침묵의 광경을 그렇게 표현한 것이다.

여순사건이 발발하자 미 임시군사고문단은 정보(G-2), 작전(G-3), 군수(G-4) 등이 총동원하여 사실상의 사령부 역할을 하였다. 공식적으로 미국은 여순사건에 개입하지 않는다고 밝혔지만, 이는 주권국가로서 대한민국 정부가 수립된 상태에서 내정간섭으로 비칠 것을 우려한 표현이었을 뿐, 실제 미군은 병력을 제외한 모든 가용 인력(고문관)과 진압 무기 및 군수물자를 동원해 조기 진압에 나선 것이 문서상으로도 확인되었다.

미국 정부로서는 자국이 후원한 신생 정부가 공산세력에 의해 전복되는 것을 원치 않았으며, 이는 여순사건 진압 후 바로 이어진 숙군에 동조하는 결과로 나타났다. 진압 작전 관련자가 미국 정부로부터 포상받았다는 사실은 미국이 여순사건을 얼마나 중시하고 있었는가를 입증하는 것으로 미국의 일관된 목표인 자국에 우호적인 정부수립을 달성하기 위한 것이었다.

여순사건에서 전반적인 작전 지휘권을 보유하고 실질적으로 당시 진압 작전과 토벌 과정에 개입한 미군은 민간인 학살에 대한 책임에서 벗어날 수 없다. 당시 미 임시군사고문단의 지휘체계는 주한 미군 사령관 → 로버츠 미 임시군사고문단장 → 각 지역 고문단원으로 이어졌다.

미 임시군사고문단은 당시 작전 지휘권을 보유한 상태에서 고문관을 파견해 전반적으로 작전을 통제하고 장비와 정보, 인적․물적 지원을 진압군에게 제공하며 진압 작전과 토벌 과정에 개입했다. 미군 고문관들은 여순사건 진압 과정에서 진압 군경에 의한 민간인 학살에 대해 잘 알고 있었고, 이를 놀라운 일로 받아들였지만 침묵함으로써 학살을 방조하였다. 작전을 지휘하면서도 학살에 대한 직무유기를 한 것이라 그 책임이 자유로울 수 없다.

여순사건 발생 직후 미군은 조건 없는 군수물자 지원을 약속하였다. 이들은 거의 무한정의 탄약과 무기, 식량 등을 지원하였는데, 철도는 봉기군의 주요 공격 목표가 될 수 있어서 임시군사고문단은 주로 트럭과 수송기편을 이용하여 물자를 수송하였다.

무기와 실탄을 미24군 탄약고에서 대량으로 조달하였는데, 특히 임시군사고문단은 이때 진압 작전에 투입된 모든 진압군에게 M1을 지급하여 신형무기로 무장시켰다. 또한, L-5연락기를 통해 병력수송과 봉기군 현황 파악 및 정보 수집과 전달에 사용하였으며, C-47 수송기를 통해 1일 작전 명령과 1일 작전보고가 오고 갔던 것으로 확인되었다. 이외에도 최신 무전기 M208을 지원하였고, 나중에는 로버츠 임시군사고문단장이 암호문까지 하달하여 무전을 통한 작전체계를 갖추게 된다.