여순사건이 발발하자 이승만 정부에서는 이를 즉각 반란으로 규정하고 진압에 나섰다. 정부군의 진압 작전은 여수를 중심으로 사방을 포위하여 봉기군을 섬멸하는 압박 섬멸전이었다. 1948년 10월 27일 진압군이 5차의 치열한 공세 만에 여수를 탈환함으로써 여수, 순천지역의 진압 작전은 마무리되었고, 진압군은 주민들을 집결시켜 봉기군과 협조자를 색출하기 시작하였다.

봉기군의 즉결처분이나 인민재판에 앞장섰다고 적발된 이들은 현장 즉석에서 살해당하였고, 나머지는 따로 수용되어 재심사나 극히 형식적인 재판을 받았다. 그것도 군인이 아닌 민간인을 법치국가에서 3심제도가 아닌 1심으로 군사재판을 받게 한 것이다.

진압군이 여수에 대한 공격이 감행되기 시작한 10월 25일, 계엄령은 대통령과 국무총리(국방장관 겸임), 장관들이 참가한 국무회의에서 결정되었다. 그러나 당시는 계엄법이 아직 만들어지지 않았을 때였는데 계엄법은 사건 발발 1년 후인 1949년 11월 24일에서야 제정된다. 법이 제정되지도 않은 상태에서 국무회의가 이를 ‘제정’하고 ‘의결’했던 것인데 이는 명백히 헌법을 위반한 것이다.

여순사건은 5․10선거 이전에 발생한 제주4.3항쟁의 섬 지역과는 달리, 내륙인 전남동부지역이 순식간에 좌익활동가의 손에 넘어갔다는 점에서 큰 충격을 주었다. 정부에서는 이를 즉각 반란으로 규정하고 육지 전체로 확산하는 것을 방지하기 위해 진압에 나섰다.

이승만 정부는 10월 21일 광주에 ‘반군토벌전투사령부’를 설치하고 사령관에 육군 총사령관 송호성 준장을 임명하였다. 10월 20일 진압 작전이 시작될 때는 3개 연대를 동원한 진압 작전을 수립하였고, 10월 21일부터는 총 5개 연대의 10개 대대와 1개 비행대(경비행기 10대), 해안경비대 함정 등이 동원되었다. 진압 작전에는 당시 전 병력의 약 1/10인 140여 명의 장교와 4,700여 명의 사병 총 4,872명의 군인이 참가하였다.

1948년 10월 22일 국방부 총참모장 채병덕은 기자회견에서 광주와 마산으로부터 막대한 병력을 동원하였고, 순천과 여수반도에서 압박 섬멸전의 총공격이 시작되었음을 밝혔다. 신무기로 무장하고 잘 훈련된 봉기군의 저항으로 정부군의 진압 작전은 처음부터 쉽지 않았다. 광주의 제4연대는 서쪽으로부터 여수를 포위하였고, 전주의 제3연대는 대전의 제2연대와 협력하여 북쪽으로부터 여수를 포위하는 한편, 군산의 제12연대는 여수의 북서쪽에서 여수를 포위하였다. 그리고 부산의 제5연대는 바다로부터 포위하였고, 대구의 제6연대는 여수의 북쪽 산맥을 횡단하였으며, 마산의 제15연대는 여수의 동쪽으로 진격하는 작전을 진행하였다. 즉, 여수를 중심으로 사방을 포위하여 섬멸하는 압박 섬멸전이었다.

1948년 10월 22일, 현지 사령관이 처음 계엄령을 선포하였고, 10월 26일 호남방면 사령관이 여수․순천지구에 임시계엄을 선포하였다. 10월 27일 진압군이 여수를 탈환함으로써 여수, 순천지역의 진압 작전은 마무리되었고, 진압군은 주민들을 집결시켜 봉기군과 협조자를 색출하기 시작하였습니다. 봉기군의 즉결처분이나 인민재판에 앞장섰다고 적발된 이들은 즉석에서 살해당하였고, 나머지는 따로 수용되어 재심사나 재판을 받았다.

1948년 11월 1일, 계엄령이 전남, 전북 지역으로 확대되면서 11월 6일 전남지역을 담당하던 전라남도 경찰국은 관내를 일제히 검문·검색하였다. 또한, 포고문을 통해 불법무기 소지자, 봉기군, 폭도, 불온분자, 은닉자와 더불어 이들에게 식사, 의류, 금품을 제공한 자들은 사살 혹은 기타형에 처한다고 발표하였다.

진압군과 관내의 경찰들은 계엄 아래에서 이른바 ‘부역자 색출’과 토벌 작전을 수행하면서 마을을 사찰하여 봉기군과 관련되었다고 의심되는 사람들을 연행, 구금, 조사, 사살하였다. 이러한 과정에서 여수, 순천, 구례, 광양, 보성, 고흥 등 봉기군의 점령지와 이동 경로에 속했던 지역의 주민들은 ‘부역자’, ‘부역 혐의협조자’라는 이유로 적법한 절차를 거치지 않고 군인과 경찰에게 학살당했다. 계엄법이 제정되지도 않은 불법적인 상태에서 계엄령을 발동하여 ‘선조치 후보고’ 형태의 학살을 자행하였다.

진압에 참여한 주요 지휘관(연대장급 이상)들은 사령관인 송호성 준장을 제외하고는 모두가 일본군이나 만주군 출신이었다. 특히, 제5여단장 김백일, 제3연대 부연대장 송석하, 제15연대장 최남근, 육군본부 정보국장 백선엽 등은 모두 만주 봉천군관학교를 졸업했으며, 이들 모두는 일제가 1939년 8월에 항일빨치산을 토벌하기 위해 창설한 간도특설경비대에 소속된 한인 군관 출신이었다.

이렇듯 현지에서 초기 진압 작전을 지휘했던 부연대장 이상의 직위에는 과거 일본군 출신, 특히 만주에서 항일빨치산을 토벌한 경험이 있었던 만주군 출신 장교들이 중용되었다. 또한, 이들은 대개 일찍부터 반공을 주장했던 극우 성향의 장교들이 주를 이루었는데 이른바 항일독립군을 ‘때려잡았던’ 전력이 있었던 일제 관동군 출신이었다.

법이 제정되기도 전에 선포한 계엄령도 문제였지만, 공포된 적이 없는 국방경비법도 문제였다. 법령집을 보면 ‘국방경비법’, ‘해안경비법’은 1948년 7월 5일 공포, 1948년 8월 4일 효력 발생, 법률호수 미상이라고 씌어 있다. 그런데 정작 1948년 7월 5일에 이러한 법률이 공포된 일이 없다. 법이 아닌 것을 법률인 양 적용하여 이것이 법률인 줄 속아서 살아왔고 많은 사람이 그 법률에 의해 처형되었던 것이다.

국방경비법은 국가보안법은 물론 사회안전법을 거쳐 보안관찰법에 이르기까지 대한민국의 법률에 인용, 계승되는 형태로 지금까지 살아남아 있다. 그래서 국방경비법에 의해 수십 년간 억울하게 옥살이를 한 피해자들이 우리 주변에 살아남아 있고, 나아가 이들에게 보안관찰처분의 족쇄를 채우는 근거가 되었다. 진압과 토벌의 명분은 결국 초법과 무법적인 상태의 계엄법과 국방경비법이 불법적으로 적용되었다.