여순사건 관련 희생자들은 전남과 전북, 경남 33개 지역에서 군경토벌 학살, 국민보도연맹 학살, 형무소재소자 학살, 군경에 의한 부역혐의 학살, 적대세력에 의한 학살 등 형태와 유형이 다양하다.

제1기 진실화해위원회의 자료를 토대로 여수지역사회연구소가 재구성한 조사결과, 여순사건 발생지역은 전남·북, 경남 33개 지역으로 지금까지 정부가 발표한 전라남도 동부지역에 국한된 사건이 아니라, 피해대상 지역의 범위를 훨씬 뛰어넘는 전라남도 전체와 전북․경남 일부 지역이 포함된 광범위한 거의 전국적인 수준의 사건이었다.

‘다시쓰는 여순사건 보고서’에 의하면 전남, 전북, 경남 등 33개 지역에서 군경토벌사건 922명, 국민보도연맹사건 314명, 형무소재소자 희생사건 356명, 군경에 의한 부역혐의 희생사건 525명, 적대세력에 의한 피해사건 152명으로 총 2,269명에 달하였다.

이는 여순사건이 그 이전까지 정부가 발표한 전라남도 동부지역에 국한된 사건이 아니라, 피해대상 지역의 범위를 훨씬 뛰어넘는 전라남도 전체와 전북, 경남 일부 지역이 포함된 광범위한 지역에서 발생한 사건이었다.

신원을 확인한 희생자 가운데 20~30대의 청·장년층이 차지하는 비율이 군경에 의한 민간인학살사건 희생자 전체의 70.9%에 달했고, 적대세력사건에서는 46%에 달한다. 이렇게 가장 활동적인 청장년층 남성이 희생당한 비율이 높아 이들의 배우자와 자녀, 형제자매 등 유족들이 겪었을 정신적·경제적·사회적 피해는 매우 컸다.

학살의 가해 이유는 몇 가지 범주로 분류된다. 먼저 군경에 의한 민간인 학살은 주로 봉기군이나 빨치산에게 협조했다는 혐의로 학살당한 경우이다. 당시 봉기군이나 빨치산 활동 지역에 거주하던 주민들은 생존을 위해 그들에게 협조할 수밖에 없었음에도 불구하고 이들을 학살하였다.

둘째, 인민위원회에서 활동하거나 좌익 활동, 봉기군에 가담한 혐의로 학살당한 경우 군경은 가담 사실을 확인하는 절차도 제대로 거치지 않았다.

셋째, 마을 주민 사이의 무고나 모략, 보복성 고발 등으로 학살당한 사례도 있었다.

넷째, 군경이 봉기군이나 빨치산의 습격을 받으면 그 보복으로 혐의가 있는 사람들은 남녀노소를 가리지 않고 무차별 학살한 사례도 있었다.

다섯째, 대살(代殺)이라고 하는데 제14연대 군인의 가족이거나 좌익․입산자의 가족이라는 이유만으로 학살당한 사례도 있었다.

1948년 말부터 한국전쟁 발발 전까지 제14연대 봉기군과 좌익세력은 백운산을 거쳐 지리산으로 입산하여 덕유산, 백운산, 회문산, 입암산 일대에 분산 은거하며 지리산 일대에 유격 근거지를 구축하여 지속적인 빨치산 투쟁을 전개하였다. 이에 육군본부는 1948년 10월 30일 여수에 있던 반군토벌사령부를 주축으로 하여 토벌 작전을 시작하였다.

토벌 작전에 나선 군경은 작전 지역인 산간마을을 소개하거나 빨치산을 색출한다는 명분으로, 또는 빨치산에게 식량을 제공하거나 협조했다는 이유 등으로 마을 주민들을 연행한 뒤 가두어 조사하였다. 빨치산과 협력한 혐의가 있다고 판단되면 주민들을 불법으로 사살하였다. 이 시기 지리산 등 빨치산 근거지 인근의 산간 주민들은 밤에는 빨치산에게 피해를 입고, 낮에는 빨치산에게 협조했다는 이유로 군경에게 사살당하는 등 이중의 고통에 시달려야만 했다.

피해 지역은 여순사건의 발발한 여수 뿐 아니라 전라남도 동부지역에 속하는 순천, 구례, 광양, 보성, 고흥, 곡성이 여순사건의 직접적인 영향권에 속하였기 때문에 다른 지역보다 압도적으로 피해가 컸다. 한편, 간접적인 영향권인 화순, 나주, 영암 등 서남부지역과 전라북도 임실, 김제 등지에서도 여순사건 발발 이후 토벌 작전과 좌익 색출 과정에서 민간인 학살이 발생하였다. 화순군 북면 백아산, 남면과 동복면에 걸친 모후산, 청풍면과 도암면에 걸친 화학산, 나주 다도면 등지에서도 민간인 피해가 다수 발생하였다.

한편, 경상남도 일대에서는 지리산으로 들어간 제14연대 봉기군과 입산자들을 소탕하기 위한 경찰의 토벌 작전과정에서 함양, 산청, 하동, 거창, 거제, 합천 등의 지역에서 군경에 의한 민간인 학살이 잇달아 발생하였다. 이외에도 산악지대가 많이 분포한 경상북도 지역은 빨치산 근거지가 되기에 적합한 지역으로 1948년 11월 2일, 대구 제6연대 사건이 진압된 뒤 사건에 연루된 잔여 병력은 빨치산 투쟁을 전개했다.

국민보도연맹(國民保導聯盟, 이하 보도연맹) 결성의 직접적인 배경은 여순사건 때문이었다. 1949년 4월 20일, 여순사건 이후에 과거 좌익 경력을 가진 사람이나 그 가족을 “도와서 올바른 데로 인도한다”라는 취지로 만든 관제단체였지만 실제로는 “자수하면 살려준다”는 의미였다.

당시 이승만 정부는 좌익 이외에도 정권에 반대한 이들까지도 보도연맹원으로 가입시켰을 뿐만 아니라 지역마다 가입자 수를 할당하였다. 이렇게 할당된 수를 채우지 못하면 사상이나 활동과 무관한 순진한 농민들까지도 밀가루 배급 등을 미끼로 본인도 알지 못하는 사이에 가입원서에 도장을 찍게 하여 가입시키는 일이 다반사였다. 이들은 한국전쟁 직후 인민군에게 협조할 가능성이 있다는 이유로 군인과 경찰에 끌려가 집단으로 총살되었다. 당시 전국의 보도연맹원은 약 35만 명 정도로 추정되는데 이들 대부분은 학살되었다.

형무소에 수감된 사람들 역시 보도연맹원들과 마찬가지로 인민군에 동조할 가능성이 있다는 이유 하나만으로 한국전쟁 직후에 학살되었다. 형무소에 수감된 사람들 중에서 대다수는 아직 형을 확정받지 못해 수감된 사람(미결수)도 있었고, 단순히 식량을 훔치다 수감된 사람들도 있었지만, 적에게 동조할 가능성이 있다는 이유만으로 1950년 7월 초부터 한 달 사이에 전국의 모든 형무소 수감자들이 거의 죽임을 당했다.

여순사건으로 기소된 피고인들은 군법회의와 순천지원 등 일반법원에서 재판을 받고 전국의 각 형무소에 수감되었다. 1948년 11월 4일부터 25일까지 여수, 순천, 광주, 대전에서 여순사건 관련 피고인들에 대한 군법회의가 수차례 열렸는데 총 1,931명이 재판을 받아 이 중 1,353명이 유죄판결을 받고 전국의 각 형무소에 분산되어 수감되었습니다.

한편, 여순사건과 관련해 일반법원에서 재판을 받은 사람 또한 얼마나 되는지 정확히 파악할 수는 없으나 구례, 승주, 광양, 고흥, 보성 등 전라남도 동부지역 일원에서 봉기군에게 동조, 식량 제공 등의 혐의로 체포된 사람들은 순천, 장흥, 광주 등지에서 재판을 받고 광주․목포․전주․군산․대전․공주․청주․대구․김천․안동․마산․진주․인천형무소 등지에 수감되었다. 이들 역시 한국전쟁이 발발하자 전국의 17개 형무소에서 죽임을 당하였습니다.

더 충격적인 사실은 여순사건 당시에 사형 판결을 받고 총살당한 수많은 사람이 대한민국 사형자 통계에도 빠져있다는 것이다. 죽어서도 민족 구성원의 대접을 못 받아 성공회대 한홍구 교수의 말대로 ‘죽음을 죽인 사회’가 되고 말았다.

제헌헌법 제22조는 모든 국민은 법률이 정한 법관에 의하여 법률에 의한 재판을 받을 권리가 있음을 규정하고 있다. 전시상황이라는 특수성을 고려한다고 하더라도 현행범이 아닌 민간인들을 어떠한 재판 절차도 없이 집단으로 학살한 행위는 명백한 불법행위였다.

제14연대 봉기군의 주력부대와 지방 좌익들은 정부의 진압 작전이 본격화되자 백운산, 조계산, 지리산 등 주변 산악지대로 입산하여 인근 지역의 지서, 관공서를 습격하거나 주민들로부터 식량과 물자를 약탈하는 등 빨치산 활동을 전개하였다.

전라남도와 전라북도, 경상남도 일부 지역에서는 여순사건이 전개되는 과정에서 14연대 봉기군과 좌익 세력은 경찰과 공무원, 우익인사 등을 색출하여 학살하였다. 그 뒤 산악지역으로 근거지를 옮긴 봉기군과 좌익에 의한 빨치산 투쟁이 전개되면서 빨치산에 협력하지 않는다거나 군경에 협조하는 우익인사라는 이유 등으로 산간 주민들이 피해를 입었다.