군대 내의 사상검열과 숙군의 여파로 제14연대 내의 남로당 조직원들은 숙군의 위협과 제주도 파병이라는 상황 속에서 적극적으로 대응하였다. 결국, 14연대는 무장봉기의 길로 나가게 되었다. 그리고 경찰에 대항하며 동족상잔인 제주도 파병에 반대한다는 명분이 제시되었다. 제14연대 군인들의 봉기는 순식간에 인근의 전남 동부지역으로 확산되었다. 또한, 여수지역사회연구소가 제1기 진실화해를위한과거사정리위원회의 보고서를 토대로 발간한 ‘다시 쓰는 여순사건 보고서’에 따르면, 전남, 전북, 경남 등 33개 지역에서 발생하였다. 이는 여순사건이 단순히 전남 동부지역에 국한한 사건이 아님을 보여주고 있다.

그러나 여순사건은 남로당이 계획한 것도 아니었으며, 조직적으로도 제대로 준비되지 않은 봉기였다. 해방 후에 일어난 주요한 대중투쟁(1946년 ‘대구10월항쟁’, 1948년 ‘제주4․3항쟁’과 ‘여순사건’) 가운데 그 어느 것도 남로당 중앙당이 조직적 또는 계획적으로 시작한 봉기는 없었다.

해방 이후 남한에 진주한 미군정은 각 도에 1개 연대씩 독자적인 군대가 아니라 ‘경찰 예비조직’으로 표방하는 국방경비대를 창설하는 계획을 세우는데 이를 뱀부 계획(Bamboo Plan)이라고 한다. 이렇게 경찰 예비조직으로 표방한 이유는 미국과 소련이 점령 지역 내에 독자적인 군대를 창설하지 못한다는 상호협의 때문이었다.

국방경비대에는 일제강점기에 일본군, 만주군, 중국군, 학병 등 다양한 경력의 인물들이 입대했지만, 장교들 대다수는 일본군 출신이었다. 국방경비대는 각 지역에서 모집을 통한 모병제로 충원되는 향토 연대의 성격을 가지고 있었다. 또한, 경찰의 보조 조직을 표방하였기 때문에 본격적인 무장을 하지 않아 장비와 인력 면에서 경찰에 뒤질 수밖에 없었다. 국방경비대의 주요 활동목표는 외부의 침입에 대한 방어보다는 폭동진압이나 치안유지 같은 정치적 동요를 진정시키는 것이었다. 국방경비대는 1948년 대한민국 정부수립 이후인 9월 5일 정식으로 대한민국 ‘육군’으로 발족한다.

국방경비대는 1946년 1월 서울 태릉의 제1연대 창설을 시작으로 1946년 11월 제주 제9연대가 설립되어 일차적인 창설이 이루어졌다. 이어서 1948년 5월에 제10연대부터 제15연대가 거의 동시에 창설되게 되어 5개 여단 15개 연대로 편제 구성되었다. 이 중 14연대는 광주의 제4연대에서 1대대를 기본으로 하여 1948년 5월 4일, 여수 신월리에서 창설하였다. 2천여 명의 정원을 채우는 일이 시급했기 때문에 모병은 허술할 수밖에 없었다. 주로 경제난 때문에 생활고에 시달리던 지역 주민들이 입대했지만, 허술한 점을 이용하여 사회주의 운동을 하거나 단선․단정 반대투쟁을 하다가 수배받은 사람들도 많이 입대하게 된다.

남한만의 단선·단정이 추진되면서 각지에서는 여기에 반대하는 투쟁이 전개되었다. 특히 1948년 4월 3일 제주도에서 무장봉기가 일어났는데, 미군정은 이를 초기에 진압하고자 각도에서 경찰을 차출하여 진압 작전을 전개하였다. 그러나 경찰의 힘만으로 쉽게 진압이 되지 않자 진압 작전에 국방경비대를 동원하기 시작했다. 그러다가 1948년 6월 18일 제주에서 초토화 작전을 지휘했던 제9연대장 박진경이 암살당하는 사건이 발생하였다. 박진경 암살사건을 계기로 전군 차원의 사상검열(Screening)이 이루어졌고, 이전부터 진행되었던 숙군(肅軍 - 군의 기강을 바로잡기 위하여, 군 내부의 부정과 불상사에 관련된 사람이나 내부에 잠재하는 불순분자들을 인사 조처하여 숙정함, 즉 좌익세력 제거)의 합법성이 부여되어 전국 각지에서 사상검열과 숙군이 이루어졌다.

이러한 숙군의 와중에서 제14연대에 여수우편국 일반전보로 10월 19일 20시에 제주도로 출동하라는 명령이 하달되었고, 갑작스러운 제주도 출동명령은 군대 내 좌익들에게 ‘동족상잔’과 ‘봉기’ 중 양자택일을 강요받았다. 한편 제14연대 내에는 제주4.3항쟁 진압을 위해 신식무기(M1, 카빈총, 기관총)와 풍부한 탄약이 지급되었으며, 반납해야 할 구식무기(일제식 99식 소총)가 병기고에 그대로 남아있어 14연대 내 좌익들의 봉기를 촉진시켰다.

여순사건이 발생한 이유는 복잡하고 다양한 원인이 결합하고 있어서 딱히 어느 하나라고 설명하기 어렵다. 해방 이후 좌우익의 대립이라는 정치적인 혼란과 경제적인 어려움, 친일세력이 이승만 정부의 비호 아래 다시 활개를 치는 상황, 군인과 경찰의 대립, 군대 내부에서 시작된 숙군작업 등이 복합적으로 이루어져 발생한 것이다.

1948년 10월 19일 저녁, 전남 여수 신월리 14연대 병영에서 시작된 봉기에 14연대 군인들의 2/3 정도인 2,000여 명의 병사들이 참여한 것으로 추정된다. 봉기 직후에 제주토벌출동거부병사위원회의 이름으로 ‘애국 인민에게 호소함’이라는 제목으로 성명을 발표하는데 ‘동족상잔 결사반대’와 ‘미군의 즉시 철수’ 2가지가 목적을 밝힌다.

신생 정부 대한민국의 근간인 군 내부에서 부당한 명령에 대한 항명과 봉기가 터져 나왔다는 것은 정부의 통치력에 결정적인 흠이 될 수밖에 없었다. 대한민국 정부가 수립된 지 두 달이 조금 지난 뒤에 발생한 이 사건의 처리야말로 정부의 통치 능력을 국내외에 보일 수 있는 시험지였다.

군대의 봉기에 민간인까지 가담했다는 것은 봉기에 대한 민간인의 광범한 지지가 있다는 것을 의미하고, 이는 곧 이승만 정부의 실정을 의미했다. 따라서 이승만 정부는 유엔의 한국 승인을 앞두고 있는 시점에서 국민의 지지를 얻지 못한 허약한 정부라는 것이 드러나는 것을 결코 인정할 수 없었기 때문에 이를 은폐시키려는 시도가 필요했다.

이에 이승만 정부는 여순사건의 주체에 대해 초기에는 김구 세력을 공격하기 위해 우익과 공산주의자의 연합이라고 발표하였다. 그러나 김구의 명백한 부인과 일반 여론이 호의적이지 않으면서 이승만 정부의 초기 시도가 실패한 것이 분명해지자 민간인 공산주의자가 주동이 되고 군인 일부가 일으킨 것이라고 변화되었다. 그러다가 마지막에는 북한으로 그 화살을 돌려 소련-북한-남한의 공산주의자들을 연계한, 그 책임의 화살을 해당 지역민으로 바꾸어 발표하였다. 이로 인해 여수를 비롯한 전남 동부지역민이 표적이 되어 희생양이 되었다.

결국은 정부가 책임을 회피하려 한 점은 변함없는 일관된 의도였다고 볼 수 있다.